Khu vực của tỉnh Houaphanh nằm trong Khu Bảo tồn Đa dạng sinh học Quốc gia (NBCA) Nam Et-Phou Louey và Khu Bảo tồn Đa dạng sinh học Quốc gia Nam Xam. Ngoài ra còn có một số Tràm Chim Quan trọng (IBA).

Khu vực IBA Nam Neun của huyện Nam Et nằm ngay cạnh NBCA. Nam Neun có diện tích 85.450 ha và ở độ cao 800 - 1.500 m. Môi trường sống được đặc trưng là các rừng rụng lá hỗn giao, cũng như rừng xanh không ngập nước, với các loại tre nứa, thỉnh thoảng có lá kim; các khu vực trống đã được thay thế bởi các khu vực đồng cỏ thứ sinh. Các loài chim chính bao gồm chim sếu lớn (Buceros bicornis) và chim bói cá Blyth (Alcedo hercules ).[13]

Khu tràm chim Phou Louey Massif IBA nằm ở khu bảo tồn NBCA sông Nam Et-Phou Louey và liền kề với tràm chim Nam Neun IBA. Tràm chim IBA Phou Louey trải dài qua tỉnh Houaphanh tới tỉnh Luang Prabang. Nó có diện tích 60.070 ha và ở độ cao 700 m - 1800 m. Môi trường đặc trưng bởi rừng rụng lá hỗn tạp, rừng nửa rụng lá, rừng xanh núi thấp, rừng xanh núi cao và đồng cỏ thứ sinh. Các loài chim chính bao gồm nuthatch đẹp ('Sitta formosa), rufous-necked hornbill (Aceros nipalensis), bói cá Blyth (Alcedo hercules) và "chim ưng vàng" ("Phylloscopus cantator"). Có bốn loài rùa được ghi nhận và hai loài ungulate.[14]

Khu tràm chim IBA sông Nam Xam rộng 69.000 ha nằm trong diện tích 70.000 ha Khu Bảo tồn Đa dạng sinh học Quốc gia Nam Xam (NBCA). Độ cao của khu IBA vào khoảng giữa 300 m -1800 m với địa hình đặc trưng là những ngọn đồi và những ngọn núi thấp. Môi trường sống chủ yếu gồm rừng xanh không ngập nước, rừng Pơ mu, rừng rụng lá xen kẽ, cũng như rừng trên núi thấp cằn cỗi. Các loài đặc hữu nổi tiếng bao gồm nuthatch đẹp (Sitta formosa), Tickell's brown hornbill (Anorrhinus tickelli), loài chim hoàng yến (Buceros bicornis), Gõ kiến xanh đầu đỏ (Picus rabieri), và chim Hồng hoàng cổ đỏ (Aceros nipalensis ).[15]